মাদরাসার আভ্যন্তরীণ কার্যাবলী সুষ্ঠুভাবে সম্পাদনের জন্য নিম্ন বর্ণিত বিভাগ সমূহ আমরা পরিচালনা করে থাকি। যথা:
[ক] ইহতিমাম বিভাগ।
[খ] মজলিসে ইলমি তথা তা‘লিম ও তারবিয়্যাত বিভাগ।
[গ] দারুল ইকামাহ বিভাগ।
[ঘ] মাতবাখ বিভাগ।
[ঙ] কুতুবখানা বিভাগ।
[চ] উচ্চতর ইসলামি আইন (ফিকহ তথা শরয়ি মাসায়িল) গবেষণা বিভাগ।
[ছ] দাওয়াত ও ইরশাদ বিভাগ।
[জ] শিক্ষক প্রশিক্ষণ বিভাগ।
[ক] ইহতিমাম বিভাগ: এই বিভাগের দায়িত্ব বা অধিকার হল, মাদরাসার মূল নিয়ন্ত্রণকারী এবং আভ্যন্তরীণ সকল বিভাগের কাজ কর্মের সমন্বয়কারী একটি বিভাগ। মুহতামিমের নিয়ন্ত্রণে এই বিভাগ পরিচালিত হয়ে থাকে। যেমন, [১] মাদরাসার সার্বিক দিক নিয়ন্ত্রণ ও সকল বিভাগের উন্নয়নের মূল দায়িত্ব এই বিভাগের উপর ন্যস্ত থাকে।
[২] প্রতিষ্ঠানের যাবতীয় ডকুমেন্টারী রেজিস্টার ও কাগজপত্র সংরক্ষণ করা এবং প্রতিষ্ঠানের স্থাবর-অস্থাবর সকল সম্পদের রক্ষণাবেক্ষণ ও হিফাযত কর, স্টক রেজিস্টার সকল সম্পদের হিসাব সংরক্ষণ করা, আভ্যন্তরীণ বিভাগ সমূহের প্রয়োজনাদী (অর্থনৈতিক সঙ্গতি মুতাবিক) পূর্ণ করা এই বিভাগের অন্যতম দায়িত্ব বলে গণ্য হয়ে থাকে। এছাড়াও এ বিভাগের দায়িত্বে নিম্নোক্ত বিষয় সমূহ থাকে। যথা:
শিক্ষক কর্মচারীদের পরিচালনা ও তাদের কর্মতৎপরতা পর্যবেক্ষণ করা। কারো কোনো কাজে ত্রæটি পরিলক্ষিত হলে সে ব্যাপারে তাকে সতর্ক করা।
ছাত্রদের লেখা-পড়ার প্রতি তীক্ষè দৃষ্টি রাখা, তাদের মাঝে শৃঙ্খলা বজায় রাখা। কখনো ছাত্রদের পরস্পরের মাঝে কোনো জটিল পরিস্থিতি উদ্ভব হলে তা নিয়ন্ত্রণ করা। প্রয়োজনে মজলিসে ইলমির সঙ্গে পরামর্শক্রমে ছাত্র বহিস্কার করা।
ছাত্র ভর্তি, খানা মঞ্জুরি, আবাসিক ভবনের সিট মঞ্জুরি, কুতুবখানা থেকে পূর্ণ বৎসরের জন্য পাঠ্য কিতাব উত্তোলনের মঞ্জুরি দান, সনদ ও টি,সি প্রদান।
শিক্ষকদের বেতন দান, হাজিরা নিরীক্ষণ, ১০ দিনের অনুর্ধ্ব ছুটির আবেদন মঞ্জুর করা।
ছাত্রদের হাজিরা নিয়ন্ত্রণ, ছুটির আবেদন মঞ্জুর, অনুপস্থিত ও গায়েব-হাযির ছাত্রদের তামবিহ করা, প্রয়োজনে ছাত্রদের অভিভাবকদের অবহিত করা।
মাদরাসার বাৎসরিক জলসার ইনতিজাম করা, ছাত্র-অভিভাবকদের মিটিং আহবান করা, কৃতী ছাত্রদের পুরস্কারের ইনতিজাম করা।
পরীক্ষা, ছুটি ও খোলার তারিখ ঘোষণা করা।
ফলাফল সংরক্ষণ ও ফারেগিনদের তালিকা পৃথক রেজিস্টারে সংরক্ষণ করা।
আভ্যন্তরীণ বিভাগ সমূহের আবেদন / অভিযোগ শ্রবণ করে তা নিরসনের যথাযথ পদক্ষেপ গ্রহণ করা।
আভ্যন্তরীণ সকল বিভাগের হিসাব-নিকাশ নিরীক্ষণ করা। ইত্যাদি।
[খ] মজলিসে ইলমি তথা তা‘লিম ও তারবিয়্যাত বিভাগ : মজলিসে ইলমী বা তা'লীম ও তারবিয়্যাত বিভাগ তা’লীম ও তারবিয়্যাতের সুষ্ঠ ব্যবস্থা করা, বেফাকুল মাদারিস প্রদত্ত পাঠ্যসূচী পূর্ণাঙ্গ করা হচ্ছে কি না এ বিষয়ের তদারকী করা, ছাত্রদের লেখাপড়ার মানােন্নয়নের জন্য প্রয়ােজনীয় পদক্ষেপ গ্রহণ করা এবং ছাত্রদেরকে তাকরার ও মুতালাআয় লাগানাের জন্য উদ্যোগ গ্রহণ করা, ছাত্রদের চারিত্রিক মানােন্নয়নের জন্য প্রয়ােজনীয় ব্যবস্থা গ্রহণ করা, ছাত্রদের মাঝে সুন্নাতের অনুসরণের চেতনা সৃষ্টি ও তাদেরকে আকাবির ও আসলাফের আদর্শানুসারী করে গড়ে তােলার সম্ভাব্য সকল উদ্যোগ গ্রহণ করা এ বিভাগের অন্যতম দায়িত্ব ও কর্তব্য বলে গণ্য হবে। এতদুদ্দেশ্যে নিম্নোক্ত পদক্ষেপ সমূহ গ্রহণ করা বাঞ্ছনীয়।
ক. শিক্ষক বৈঠক আহবান করে পাঠদান পদ্ধতি ও পাঠ পরিকল্পনা সম্পর্কে পারস্পরিক মত বিনিময় করা এবং প্রয়ােজনীয় হিদায়াত দান করা।
খ. শিক্ষকদের যওক ও প্রতিভার প্রতি লক্ষ্য রেখে কিতাব বন্টন করা।
গ. ছাত্রদের তরবীয়ত দান ও লেখাপড়ার প্রতি আগ্রহ বৃদ্ধির জন্য পাক্ষিক কিংবা মাসিক তারবিয়াতী জলসার আয়ােজন করা।
ঘ. মাঝে মধ্যে কোন বুযুর্গ ব্যক্তিকে দাওয়াত দিয়ে এনে ছাত্রদের হিদায়াত দান।। ঙ. ছাত্রদের চুল, দাড়ি, লেবাস-পােষাক, আচার-আচরণ, লেন-দেন, আমল-আখলাক, চিন্তা-চেতনা, ধ্যানধারণা ও প্রাত্যহিক কাজকর্ম সুন্নত মুতাবিক হচ্ছে কি না এ ব্যাপারে তীক্ষ দৃষ্টি রাখা।
চ. দরসের ফাঁকে ফাঁকে আকাবির ও আসলাফের কুতুববিনী ও আমলী জিন্দেগীর ঘটনাবলীর প্রতি আলােকপাত করার জন্য আসাতিজায়ে কেরামকে অনুপ্রাণিত করা। মজলিসে ইলমীর গঠন পদ্ধতি : মােহতামেম, নাযেমে তা'লীমাত এবং মােহতামেম কর্তৃক মনােনীত আরাে তিনজন যােগ্য শিক্ষকের সমন্বয়ে প্রতি শিক্ষা বৎসরের জন্য এই মজলিস গঠিত হবে। মােহতামেম পদাধিকার বলে এই মজলিসের সদর ও নাযেমে তা'লীমাত পদাধিকার বলে এই মজলিসের নাজেম বা ব্যবস্থাপক থাকবেন। নাযেমে তা'লীমাত মােহতামেমের সঙ্গে পরামর্শ করে প্রতি শিক্ষা বর্ষের রুটিন তৈরী করবেন এবং এর তদারকী করবেন।
[গ] দারুল ইকামাহ বিভাগ: (যে সকল মাদরাসায় আবাসিক হােস্টেল রয়েছে সে সব মাদরাসার বেলায় প্রযােজ্য) আবাসিক হােষ্টেলে অবস্থানরত ছাত্রদের নেগরানী করা, তাদের সুবিধা অসুবিধার প্রতি লক্ষ্য রাখা এই বিভাগের অন্যতম দায়িত্ব হবে। মােহতামেম কর্তৃক নিয়ােজিত এক বা একাধিক শিক্ষকের মাধ্যমে এ কাজ আঞ্জাম পাবে। এ বিভাগের দায়িত্ব হবে নিম্নরূপঃ
(ক) বৎসরের শুরুতে ছাত্রদের সিট বন্টন। সিট বন্টনের ক্ষেত্রে অবশ্যই বয়সের তারতম্যের প্রতি লক্ষ রাখতে হবে।
(খ) নোমূল আওকাত তৈরী করে আবাসিক হােষ্টেলে অবস্থানরত ছাত্রদেরকে সেমতে পরিচালিত করা।
(গ) যদি কোন ছাত্র নিয়ম লংঘন করে তাকে তাম্বীহ করা, সংশােধন না হলে তার সম্পর্কে ইহতিমামে রিপাের্ট করা। (ঘ) ছাত্রদের মাধ্যমে আবাসিক হােষ্টেল পরিস্কার-পরিচ্ছন্ন রাখার ব্যবস্থা করা। (ঙ) ছাত্রদের পরস্পরের মাঝে কোন ঝগড়া বিবাদ বা কলহের সূচনা হলে তা মীমাংসা করা। পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণের বাইরে চলে যাচ্ছে মনে করলে, ইহতিমামকে তৎক্ষণাৎ অবহিত করা।
(চ) কোন ছাত্র অসুস্থ হয়ে পড়লে তার চিকিৎসার ব্যবস্থা করা।
[ঘ] মাতবাখ বিভাগ: আবাসিক ছাত্র শিক্ষকদের খাওয়া-দাওয়ার ব্যবস্থা করাই এ বিভাগের অন্যতম দায়িত্ব। মােহতামেম কর্তৃক নিয়ােজিত কোন শিক্ষক অথবা কোন বেতনভূক্ত কর্মচারী এ বিভাগের তত্ত্বাবধান করবেন।
[ঙ] কুতুবখানা বিভাগ: প্রতিষ্ঠানের ছাত্র শিক্ষকের জন্য চর্চা ও গবেষণা কার্য পরিচালনা করার জন্য দরসী কিতাবাদী, ব্যাখ্যা গ্রন্থ সমূহ, শরাহ-শুরুহাত, প্রতি বিষয়ের উচ্চতর নির্ভরযােগ্য রেফারেন্স গ্রন্থ এবং বিভিন্ন লেখকের গ্রন্থ সমূহ, বিভিন্ন বাতিল ফিরকার বই-পুস্তক সমূহ এবং শিক্ষক-ছাত্রদের জ্ঞান পরিধি বৃদ্ধির জন্য আম্বিয়ায়ে কিরাম ও ছাহাবায়ে কিরাম থেকে আরম্ভ করে বর্তমান সময়ের আকাবির ও আসলাফগণের রচিত গ্রন্থাবলী, তাদের জীবনী গ্রন্থ সমূহ ও অন্যান্য বই পুস্তক সংগ্রহ করা এবং তা যথারীতি রেজিষ্টারভুক্ত করে বিষয় ভিত্তিক বিন্যাস সহ গ্রন্থাগারে সংরক্ষণ করা এই বিভাগের অন্যতম দায়িত্ব হবে। তা ছাড়া বত্সরের শুরুতে নির্দিষ্ট রেজিষ্টারে এন্ট্রি করে শিক্ষকদের প্রয়ােজনীয় গ্রন্থাবলী সরবরাহ করা। মােহতামেমের মঞ্জুরী সাপেক্ষে ছাত্রদের পাঠ্য কিতাবাদী সরবরাহ করা এবং বৎসর শেষে ছাত্র শিক্ষকদের কাছ থেকে পূনরায় কিতাবাদী ফেরত নেয়া, কিতাবাদী মেরামত ও বাইন্ডিং করানাে এবং ছাত্ররা যাতে লাইব্রেরীতে বসে প্রয়ােজনীয় কিতাবাদী মুতালাআ করতে পারে তার ব্যবস্থা করা। প্রয়ােজনে কোন কিতাব বা বই-পুস্তক যাতে ছাত্ররা সাময়িক কালের জন্য (যেমন সপ্তাহ, পনের দিন বা এক মাসের জন্য) নিজের কাছে রেখে পড়তে পারে তার ব্যবস্থা করাও এই বিভাগের দায়িত্বে থাকবে। মােহতামেম কর্তৃক নিয়ােজিত কোন শিক্ষক অথবা কোন যােগ্য লাইব্রেরীয়ানের তত্ত্বাবধানে এই বিভাগের কাজকর্ম আঞ্জাম পাবে, যাকে নাজেমে কুতুবখানা বলা হবে।
[চ] উচ্চতর ইসলামি আইন (ফিকহ তথা শরয়ি মাসায়িল) গবেষণা বিভাগ: মােহতামেম সাহেব মাদরাসা কর্তৃক নিয়ােজিত কোন একজন সনদপ্রাপ্ত যােগ্য মুফতীর তত্ত্বাবধানে এই বিভাগ পরিচালিত হবে। এ বিভাগ থেকে মুসলিম জনতার নিকট তাদের প্রয়ােজনীয় দ্বীনী জ্ঞান শিক্ষাদানের, তাদের আমল-আখলাক গড়ে তােলার, বিভিন্ন ফেতনা হতে হিফাযত করার, যুগ সমস্যার সমাধান মূলক এবং আকস্মিক কোন বিষয় সম্পর্কে অবহিতকরণ জনসাধারণের দ্বীনি বিষয়ে জিজ্ঞাসার জবাব দান এবং বিভিন্ন বিষয়ের উপর গবেষণা করা এই বিভাগের অন্যতম দায়িত্ব। এ ছাড়া এই বিভাগ নিমােক্ত দায়িত্ব সমূহও পালন করবে। যথাঃ
(ক) দ্বীনি কোন বিষয়ে স্থানীয় জনগণকে অবহিত করা প্রয়ােজন মনে করা হলে কিংবা কোন বাতিল মতাদর্শ আত্মপ্রকাশ করলে সে সম্পর্কে সঙ্গে সঙ্গে জনগণকে অবহিত করার ব্যবস্থা করা। জনগণকে জরুরী মাসআলা মাসাইলের জ্ঞান দান করা। এতদনিমিত্ত প্রচারপত্র, লিফলেট, পুস্তক-পুস্তিকা তৈরী করে তা জনগণের মাঝে প্রচার করা।
(খ) এলাকায় কোন কুসংস্কার ছড়ায়ে থাকলে সে সম্পর্কে শরীয়তের সঠিক দৃষ্টিভঙ্গি জনগণের সামনে। তুলে ধরা।
(গ) প্রত্যেক বিষয়ের মুফতাবিহী কওল কি, এ সম্পর্কে ছাত্রদের জিজ্ঞাসার জবাব দান।
(ঘ) যেহেতু শরীয়তের অনেক বিধানের সম্পর্ক চন্দ্র মাসের সাথে সংশ্লিষ্ট। অতএব চন্দ্র মাসের হিসাব। সংরক্ষণ করাও এ বিভাগের দায়িত্নের অন্তর্ভুক্ত থাকবে।
[ছ] দাওয়াত ও ইরশাদ বিভাগ : আল্লাহর দ্বীনের দিকে অমুসলিমদেরকে দাওয়াত দেওয়া এবং মুসলমানদেরকে আমলের দাওয়াত দেওয়া প্রতিটি ঈমানদারের ঈমানী দায়িত্ব। যে এলাকায় কোন দ্বীনি শিক্ষা প্রতিষ্ঠান রয়েছে, সে এলাকার মানুষকে দ্বীনের দিকে আহবান করা সেই প্রতিষ্ঠানের অন্যতম দায়িত্ব বটে। তবে ব্যাপক ভিত্তিতে সর্বক্ষণ এ কাজ করতে গেলে তা'লীমে ঘাটতি হবে নিঃসন্দেহে। অতএব সপ্তাহে একদিন (বৃহস্পতিবার বিকালে) ছাত্রদেরকে কোন একজন শিক্ষকের তত্ত্বাবধানে মাদরাসা সংশ্লিষ্ট এলাকার মসজিদ সমূহে দাওয়াতের কাজ করার জন্য প্রেরণ করা। ছাত্ররা মসজিদে গিয়ে তাবলীগী জামাআতের আদর্শের অনুকরণে মানুষকে মসজিদে সমবেত করবে এবং তাদেরকে ঈমান, একীন ও আমলের প্রতি উদ্বুদ্ধ করবে; মাসাইল শেখাবে কিরায়াত শিখাবে। এজন্য স্থানীয় তাবলীগের মারকাজের সাথে যােগাযােগ রক্ষা করা যেতে পারে এবং তাদের থেকে এ ব্যাপারে সহযােগিতা নেয়া যেতে পারে। যে মসজিদে দাওয়াতী প্রােগ্রাম নিয়ে যাওয়া হবে, সেই মসজিদে ছাত্ররা আমলের হালে রাত্র যাপন করবে এবং স্থানীয় জনগণকে তাদের সঙ্গে রাত্র যাপন করার জন্য আমন্ত্রণ জানাবে এবং জনগণকে দাওয়াতী কাজে বের হওয়ার জন্য উদ্বুদ্ধ করবে। যারা সময় দিতে রাজী হবে, তাদেরকে স্থানীয় মারকাজের সঙ্গে জুড়ে দিবে। এতে এলাকার মানুষ দ্বীনের হিদায়াত লাভ করতে পারবে। এতদসঙ্গে ছাত্রদের মাঝেও দাওয়াতী কাজের চেতনা সৃষ্টি হবে এবং এ কাজের প্রশিক্ষণ হাসিল হবে। মাদরাসার পক্ষ থেকে বই পুস্তক লিখিয়ে প্রকাশ ও প্রচার করতে হবে।
[জ] শিক্ষক প্রশিক্ষণ বিভাগ : প্রতিজন শিক্ষককে দক্ষ শিক্ষক, গবেষক এবং যে কোন দুটি বিষয়ে ডক্টর হিসেবে গড়ে তােলাই হচ্ছে এ বিভাগের দায়িত্ব ও কর্তব্য। শিক্ষক গড়ে তােলার জন্য শিক্ষক প্রশিক্ষণ দান, গবেষণা করানাে ও ডক্টরেট করানাে ইত্যাদির ব্যবস্থা করতে হবে। নাযেমে তা'লীম ও তারবিয়াতএর মাধ্যমে এ কাজটি পরিচানলা করতে হবে। (কোন প্রতিষ্ঠানে সবগুলাে বিভাগের পৃথক অস্তিত্ব থাকা অপরিহার্য নয়। তবে যেখানে যতটি খােলা সম্ভব। এবং যুক্তি সঙ্গত, সেখানে তা খােলা বাঞ্ছনীয়)।